Caso o cliente tenha duas empresas cadastrada no sistema e quer liberar algum usuário para alguma, é simples de resolver. Veja.
Note que no meu caso após logar no sistema o cliente possui duas empresas cadastradas no sistema.
Logando no sistema, você pode acessar qualquer modulo, feito isso abra o Menu.
No Menu, clique com o botão direito na tela depois Acesso Restrito ao Administrador > Usuários.
Na tela ira se apresentar todos os usuários cadastrados no sistema, você escolhe o qual deseja liberar o acesso e aperte Alterar, no canto superior esquerdo.
Agora localize na tela a parte filial, clique na filial que o usuário já esta cadastrado e aperte a seta para baixo, em seguida escolha a filial e aperte confirme no canto superior esquerdo.